2040年。イタリアの空に巨大な穴が開いた…。
その穴から現れたのは、宇宙生物「ブリガンテ」。ブリガンテは人々を襲い、生命を喰らった。未知なる生物に対抗すべく、日本人科学者の高峰律氏はマルチパワードスーツ『フラッグアーマー（通称ＦＡ）』を開発。
2050年。人類は結束し、宇宙生物ブリガンテと決着をつけるため『バベルラボ』を設立し、対ブリガンテ掃討隊「旗本」を投入した。

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